La storiografia su Santa Maria Amalfitana, raccontata dalla Cronaca di Bante Brigantino, illustra come un gruppo di marinai scampati ad una terribile tempesta si fermarono a ringraziare Maria per averli ascoltati e salvati dal naufragio, ed eressero nel 1059 una chiesa rupestre in suo onore; la chiesa rupestre più antica di Monopoli. Nel XII secolo, poi, fu costruita una chiesa superiore in stile romanico, proprio nel periodo in cui gli affari tra Amalfi e Monopoli andavano, ora si può dire, a gonfie vele. In epoca barocca furono apportate delle modifiche all’interno e alla facciata, ma nel 1932 fu ristrutturata e riportata allo stile originario.
La chiesa si compone di tre navate ed è interamente in muratura. Dalla navata destra si scende nella grotta basiliana, forse la stessa che fu il santuario primitivo degli Amalfitani, ridotto poi a sepolcreto e fossa comune in tempi di pestilenze e di mortalità diffusa. La navata sinistra, invece, ci accompagna fino al cortile delle absidi .
Attraverso una scala si scende alla cripta, un vano non molto ampio, interamente scavata nella rocca con pareti ruvide ed umide ospitano ancora qualche traccia di affreschi. Si possono vedere delle arcate con sottili colonne partire direttamente dal pavimento, l’altare e alcune nicchie. Sopra l’altare si trova un affresco di S.Nicola, in cui il santo è ritratto in posizione frontale e veste abiti vescovili in uso nella chiesa greca ortodossa.
